Primogénito de Giovanni Battista y Lucia Negri, fue bautizado en la catedral al día siguiente de su nacimiento con el nombre de Carlo Bernardino. El padre, originario de Canneto (hoy Canneto sull'Oglio), se había casado con Lucia el 21 de junio de 1626 en la catedral de Carpi, en la cual, además, desempeñó el cargo de organista y también hizo bautizar a sus hijas Cecilia y Lucrezia Ludovica. Junto con su familia se trasladó a Rubiera en 1632 porque fue nombrado organista de la iglesia parroquial. Aquí hizo bautizar a su hijo menor Paolo, nacido en Rubiera.Una vez muerto su padre en 1644, Carlo Bernardino pasó a ser su sucesor en el órgano, con nombramiento aprobado por la comunidad de Rubiera, propietaria del instrumento musical, y con un salario anual pagado durante siete meses por la misma comunidad, durante los cinco restantes por el consorcio presbiteral local. Posteriormente, durante 1645, tomó el hábito franciscano en S. Maria Novella di Rubiera, oficiado por los menores conventuales, adoptando, con su profesión y filiación, el nombre de Giovanni Battista en memoria de su padre.

Al año siguiente publica en Venecia el primer libro de motetes concertados a dos, tres y cuatro voces con bajo para órgano [...] primera obra, dedicado a los «Patronos [...] de la Comunidad Rubbiera [ .. .] personas devotas y celosas del culto divino", es decir, los administradores cívicos, sus empleadores. Sin embargo, el papel de Rubiere fue interrumpido en 1649, cuando el fraile, habiendo cedido a la voluntad de sus superiores, fue trasladado a Este al convento correligionario de S. Francesco donde, el 17 de abril de ese año, recibió el nombramiento de organista de la iglesia del convento. Con resolución del 3 de febrero de 1651, su función musical se amplió simultáneamente a otro lugar más importante: fue confirmado en S. Francesco y también nombrado organista de la catedral.No est á claro cuánto tiempo Vacchelli mantuvo un servicio formal en Este: ciertamente en septiembre de 1652 permaneció en Módena, donde le pagaron cinco servicios en el órgano de la iglesia de S. Carlo, pero se desconoce si esto ya sea que haya ocurrido durante una licencia corta o un traslado importante a la capital del Este. De todos modos, en 1657 fue trasladado temporalmente al convento de S. Francesco en Bolonia. Así lo revela una carta fechada el 14 de julio, dirigida por fray Giovanni Tommaso Merighi, ministro provincial de los menores conventuales, a fray Flaminio Fabretti, guardián del convento boloñés.

En un alegato de 1658, Vacchelli, siendo solicitado en la catedral de Carpi como maestro de capilla, pidi ó al duque de Módena para abogar a su favor ante el ministro provincial de los conventuales, quien se opuso a la nueva asignación. Una solicitud posterior, en los primeros meses de 1660, enviada por Vacchelli a Cesare d'Este (hijo del difunto duque Alfonso III). para que informara a su hermano, el cardenal Rinaldo, obispo de Reggio, de la aspiración del músico de dirigir la capilla de la catedral de esa ciudad, también cayó en oídos sordos. Tres años más tarde, el 18 de febrero de 1663, el fraile recibió el título de magister musices, concedido por el ministro general de los conventuales por su acreditada actividad en el campo musical, título que contemplaba algunos privilegios dentro de la orden franciscana como la precedencia jerárquica sobre simples frailes y vicarios no presidenciales.

En 1664, tal vez esperando una nueva recomendación, el músico se dirigió nuevamente a Cesare d'Este, dedicándole el primer libro de los “Motetes a voci sola”, segunda obra (publicada en Venecia), encomendándole su "La poderosa protección es la debilidad" de sus propias composiciones: las catorce piezas están distribuidas de diversas formas entre los registros vocales (seis para soprano, cuatro para contralto, una para tenor y tres para bajo), para su uso en diversas ocasiones litúrgicas (principalmente marianas y santorales). ). En el frontispicio el autor no hacía alarde de ningún cargo ni pertenencia, salvo el de miembro de la Academia de la Cofradía de la Muerte de Finale (actualmente Finale Emilia), con el nombre de Naufragante.

El fraile, que en el verano de 1665 se encontraba de nuevo en Rubiera, dentro de los muros del convento de S. Maria Novella, llegó a Pesaro en el otoño de 1666 para ocupar un puesto de dos años como maestro de capilla en la catedral, pero lo rechazó en enero de 1668, mucho antes de la expiración del contrato. Durante su estancia en Pesaro publicó los “Conciertos sacros” para 1, 2, 3 y 4 [voces] con violines y segundo libro, tercera obra, publicada en Bolonia en 1667 y dedicada al conde Claudio Marazzano Visconti , obispo de Senigallia. Se trata de veintidós motetes interpretados con vívida inventiva, un hábil juego combinatorio de timbres vocales y con la adición de dos violines, a veces obligados, a veces ‘si placet’. Se desconocen el lugar y fecha de su muerte, posiblemente a los 41 años de edad.